8 июня 1967 г. был создан военный трибунал Карталинского гарнизона под председательством подполковника юстиции Зозули Дмитрия Прокопьевича, который по подчиненности относился к Военному трибуналу Уральского военного округа (г. Свердловск).

Председателями военного трибунала были:

- с 8 июня 1967 года подполковник юстиции Зозуля Дмитрий Прокопьевич;

- с 20 ноября 1969 года подполковник юстиции Чекайкин Василий Петрович (основание: Указ Президиума Верховного Совета СССР от
24 октября 1969 г.)

- с 19 июля 1973 года подполковник юстиции Колейчук Николай Александрович (основание: указание председателя военного трибунала Уральского военного округа);

- с 17 июля 1978 года подполковник юстиции Гречушкин Александр Николаевич (основание: представление председателя Военного трибунала Уральского военного округа и приказ начальника Управления военных трибуналов МЮ СССР);

- с 2 марта 1983 года подполковник юстиции Кулаков Геннадий Михайлович (основание: представление председателя Военного трибунала Уральского военного округа и приказ начальника Управления военных трибуналов МЮ СССР);

- с 16 марта 1988 года подполковник юстиции Марчук Николай Викторович (основание: приказ начальника Управления военных трибуналов МЮ СССР от 18 февраля 1988 г. №5).

Законом Российской Федерации от 21 апреля 1992 г. №2708-1 «Об изменениях и дополнениях к Конституции (основного закона) РСФСР», вступившем в действие с 16 мая 1992 г., военный трибунал Карталинского гарнизона переименован в военный суд Карталинского гарнизона.

Приказом Министра обороны РФ от 11 октября 1993 г. и приказом Командующего войсками УрВО военный суд Карталинского гарнизона передислоцирован в г. Магнитогорск Челябинской области.

Во исполнение Директивы МО РФ от 11 октября 1993 г. №314/1/00120 и приказа Командующего войсками УрВО №14/20/1/055 от 20 декабря
1993 г. «О переименовании военного суда Карталинского гарнизона в военный суд Магнитогорского гарнизона» 4 октября 1994 г. военный суд Карталинского гарнизона был переименован в военный суд Магнитогорского гарнизона.

                На основании Федерального конституционного закона от 23 июня 1999 № 1-ФКЗ «О военных судах Российской Федерации» военный суд Магнитогорского гарнизона переименован в Магнитогорский гарнизонный военный суд.

 Здание Магнитогорского гарнизонного военного суда располагалось в г. Магнитогорск по адресу: ул. Уральская, д. 20/1.

В октябре 2013 года военный суд переехал в г. Магнитогорск на улицу Комсомольская, д. 32, а в феврале 2015 года было открыто второе здание в
г. Чебаркуль по адресу: Военный городок №1, где располагается в настоящее время.

Первым председателем Магнитогорского гарнизонного военного суда был в период с 27 декабря 1993 г. по 30 ноября 2000 г. – полковник юстиции Юсупов Ильдар Саитгалиевич.

Вторым председателем Магнитогорского гарнизонного военного суда был с 1 декабря 2000 г. по 31 октября 2014 г. – полковник юстиции Микулич Александр Михайлович.

С 22 октября 2015 г., в соответствии с Указом Президента Российской Федерации №531 «О назначении судей Федеральных судов и о представителях Президента Российской Федерации в квалификационной коллегии судей субъектов Российской Федерации» на должность председателя Магнитогорского гарнизонного военного суда назначен подполковник юстиции Неверович Сергей Игоревич.